第三次全国农业普查将对全国所有农业经营单位、农业经营户、行政村和乡镇进行调查，涉及3万多个乡镇、60多万个村委会、2亿多农户，普查内容涵盖农业农村经济社会发展的方方面面，普查复杂程度和工作难度是其他普查无可比拟的。因此，第三次全国农业普查需要在国务院和地方各级人民政府的领导下，按照“全国统一领导、部门分工协作、地方分级负责、各方共同参与”的原则组织开展，国务院成立第三次全国农业普查领导小组及其办公室，统一领导和组织普查工作，统计、宣传、发改、财政、农业等各有关部门，要在农业普查办公室统一领导下，充分履行好各自的职能，保障普查工作的顺利开展。普查将坚持统一组织、统一布置培训、统一实施调查、统一处理数据、统一发布数据。