这次农业普查主要立足农业，覆盖“三农”，以查清农业基本情况为主，兼顾农村和农民。普查聚焦农业现代化、农村新面貌、农民生活新方式等方面，重点反映我国“三农”发展的新情况，内容包括农业从业者、农业用地、农业生产能力和结构、国家粮食安全、新型经营主体、农业现代化、新农村建设、农产品销售渠道和农民生活方式变化等10个方面情况。
这次农业普查共设计了普通农业经营户普查表、规模农业经营户普查表、农业经营单位普查表、行政村普查表、乡镇普查表、农作物播种面积遥感测量表等6张普查表，在保持第二次全国农业普查基本框架的同时，对普查表和普查内容进行较大的创新设计，以更好地适应当今我国农村的经济社会状况。一是首次将规模农业经营户和普通农业经营户区别普查，规模农业经营户的普查内容更加全面翔实，以准确反映新型农业经营主体发展和农业规模化、产业化发展新情况。二是在乡镇普查表中大幅度增加建制镇镇区的经济社会发展指标，以全面反映我国新型城镇化发展情况。三是行政村普查表在反映行政村经济社会基本情况的同时，重点反映乡村基础设施情况和农村人居环境情况。